L’Istituto Comprensivo “Daniele Manin” è ubicato nel Rione Esquilino, a due passi dalla Stazione Termini e compreso tra la Basilica di S. Giovanni in Laterano, Santa Maria Maggiore e Porta Maggiore.
I due plessi si trovano a una decina di minuti di cammino tra loro. Il plesso di via Bixio 83-85 ospita la scuola dell’infanzia e la scuola primaria, nonché gli uffici della Presidenza e della Segreteria. Il Plesso di via dell’Olmata 6 ospita la scuola secondaria di primo grado.
Entrambi i plessi sono in edifici storici, quello di via dell’Olmata ha il cortile in comune con la basilica di Santa Prassede.